雖然缺乏確鑿的證據，但美國官員們認為，本-拉登只可能會在巴基斯坦——因為本-拉登已經在巴基斯坦的臨阿富汗邊界的群山中流竄了20年，他得到了塔利班領導人的大力保護。曾為中央情報局和國家安全委員會分析南亞方面問題的專家布魯斯-里德爾說：“從很多方面來說，這都是一個完美之地。但我們仍沒有發現任何有關本-拉登行蹤的證據。”

2005年年末，中央情報局解散了專門負責追蹤本-拉登的特殊小組“亞歷克站”，追蹤行動也隨之不了而終。因為據中央情報局推斷，與其他恐怖分子（例如伊拉克中的基地組織分子）相比，本-拉登的地位正在逐漸下降，那些此前專門負責追蹤這位恐怖分子頭目的分析員們都被分配到了其它地方。但是，僅一年后，許多情報人員開始改變主意。2006年8月，情報人員在倫敦成功挫敗了一場陰謀后，他們開始意識到，在他們眼中已經“精疲力竭”的這位基地組織的核心人物，居然殺了個回馬槍。隨后，中央情報局另派遣了幾十名官員前往巴基斯坦不受控制的部落地區以及基地組織曾駐扎過的西北邊境省。但此時局勢已更為敵對。重整的塔利班武裝分子強迫巴基斯坦政府簽訂停火協議；調查顯示，本-拉登在巴基斯坦人心中的聲望高漲，而巴基斯坦人對美國的仇視則普遍存在。在一些偏遠地區，很多中情局特工的活動范圍僅限于巴基斯坦的軍事基地。阿瑟-凱勒是一名前中情局的特工，2006年他曾在巴基斯坦的部落地區搜集情報。阿瑟回憶說，巴基斯坦的情報聯絡官給他的授權十分有限，他的活動范圍受到了很大的限制。阿瑟更希望為中情局廣布眼線搜集情報，而不是得到他們（巴基斯坦情報部門）有限的幫助。

“因為我的金發和藍眼睛，別人一眼就能看出我不是當地人，因此有些時候，我甚至不能獨自外出活動。而如果在奧地利，我則可以隨便走動。”阿瑟指出，“如此明顯的外貌特征使我根本無法工作，巴基斯坦人根本不會有興趣和一個外國人合作。”

從那時起，美國官員就一直為是否派遣特種部隊到巴基斯坦搜捕本-拉登和他的同黨爭執不休，盡管當時巴基斯坦政府已經明確表示不允許美國派遣部隊進入巴基斯坦境內。美國官員曾透露，2005年以后，在得到一些有關于基地組織的情報以后，美國政府曾暗中派遣一些特種部隊進入巴基斯坦境內追捕本-拉登，例如隸屬于美國海軍的“海豹突擊隊”和隸屬于陸軍的“三角洲”特種部隊。可是這些行動不是徹底失敗，就是因為沒有得到高層的批準而終止。當然，美國政府還擔心這些特種部隊士兵被抓或是被殺。一名資深美國反恐官員說：“關于在何種情況下，到底哪個部門（CIA還是美國軍方的特種部隊）有權處理突發情況，中情局和特種部隊爆發了激烈的爭論。千萬不要低估這種內部摩擦帶來的影響。”直到現在，這種問題依然存在。